Существует 2 способа:
1. Убрать бракованные товары из документа прихода Товары → Приход товара → зайти в нужный документ и внесите коррективы:
Но таким способом стоит пользоваться только если поставщик уменьшил вашу задолженность на сумму бракованного товара.
2. Учесть брак, как расход товара
Товары → Выбытие товараЗдесь выберите, куда ушел товар и статью расхода Брак. Не забудьте указать количество брака.